大垣補助き電区分所は東海道新幹線　岐阜羽島－米原間に設置されています．東海道新幹線が開通した当時は大垣き電区分所として羽島変電所と新関ヶ原変電所のき電境界となっていましたが，東海道新幹線がBTき電方式からATき電方式に変更された際にき電区間長を長く取れることで変電所の数の削減が可能となったため新関ヶ原変電所が新関ヶ原き電区分所に格下げされ，それに伴って大垣き電区分所も大垣補助き電区分所に格下げされました．

(参考：東海道新幹線のATき電化・電源増強に伴う変電所・き電区分所の変遷)

　大垣補助き電区分所は羽島変電所の新大阪方，新米原変電所とのき電境界となる新関ヶ原き電区分所までの間にあり，通常時は前後の区間が接続されていますが，事故が発生した場合や工事を行う場合などに接続を解除して停電する範囲を限定することが出来るようになっています．また，補助き電区分所内には単巻変圧器(AT)が上り線・下り線それぞれに1台ずつ設置され，ATき電線とトロリー線の間に接続されておりATポストとしての機能も果たしています．

　東海道新幹線は岐阜市街地を経由するために北側に大きく遠回りしている東海道本線には沿わず名古屋から関ヶ原へ北西方向に直行しており，大垣市の中心部から離れた市内南部を通過しています．そのため，東海道本線の大垣駅は北東へ約3km離れた場所にありますが，大垣駅から南へ向かい三重県の桑名駅に達する養老鉄道(かつての近鉄養老線)が比較的近くを通っており，東南東約1.3kmに美濃青柳駅があります．